分子模拟/分析工具

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分子模拟/分析工具
学科类别 计算化学
来源属性 原创
关键字 一些应用于Gromacs的分析工具

1 脚本下载与安装

在需要安装的目录下执行以下命令,比如在~/tools下安装:

cd ~/tools
git clone https://github.com/klniu/md.git

然后在.bashrc或.zshrc下添加路径:

export PATH=$PATH:~/tools/md

2 ndx索引构建

命令:add_group_to_ndx.py new_group_name res_name atoms_num_of_res index_of_atoms num_mols ndx_file

该工具的作用是将一个残基内的一个或多个索引,复制多份,建立一个组,方便之后进行模拟或分析。具体用法:

add_group_to_ndx.py 新组的名称 残基编号 残基包含的原子个数 残基内原子的索引 复制的残基的个数 ndx文件
new_group_name
新组的名称,即建立后新组的名称,建立之后就可以使用make_ndx命令看到多了一个组,即是这个名称;
res_name
残基编号,即模拟过程中使用的残基的编号,如DRG,OIL,WATER一类的;
atoms_num_of_res
残基中原子的个数,比如一个残基中有40个原子,一定要是完整的残基;
index_of_atoms
原子在残基中原子的索引,从0开始,比如一个残基有40个原子,要建立第5个原子的索引,则输入4;如果有多个原子要索引,使用'4 5 6'的方式;
num_mols
残基的数量,即要建立残基的数目要多个,不一定要全部的数目,比如要建立30个分子的索引,输入30即可;如果输入的数目超过整个体系此残基的数量,系统会忽略超过的部分;
ndx_file
ndx文件,输入文件,make_ndx的生成文件,至少要包含[System]和建立的残基的编号,如[DRG],更改后的ndx直接覆盖此文件。

示例:

# 建立一个名称为SO3的索引组,使用残基DRG, DRG共有41个原子,索引的分子为DRG的最后3个原子,共建立15个DRG分子的索引
add_group_to_ndx.py SO3 DRG 41 '38 39 40' 15 system.ndx

# 建立一个名称为L的索引组,使用残基DRG, DRG共有41个原子,索引的分子为DRG的第1个原子,共建立48个DRG分子的索引
add_group_to_ndx.py L DRG 41 0 48 system.ndx