VMD Paratool计算键参数

此文是在本人使用Gromacs时遇到问题后在mdbbs上询问到的方法，在此本人做了修改，以适应自己使用，版主bay__gulf618非常厉害，在此感谢。

1 载入力场和分子

打开vmd，不需要载入任何分子，当前目录为单独存放上述三个文件的地方。
extensions > modeling > parameterization tool。
File > Load molecule for parameterization，打开base 分子，也就是h2o2。目前仅支持pdb,xbgf,xyz格式，这里把分子做成了xyz 文件（也可以使用pdb）。打开时候会报错，提示没有resname。xyz 当然没有resname，没有关系，后面将会处理。此时分子将会显示在OpenGL窗口中。
(我猜想这一步是读取现有的力场参数、vdw，以减少计算，并且能使计算结果更准确，如果要全新计算，不需要这两个文件，我没有使用)把下面的top和par文件删掉换成上面的两个文件。在下面的操作中会简便些，但不是必须的。paratool 会在这些文件中读取各类型原子的vdW参数，生成的参数文件中的键/角/二面角也仅仅是这个par 文件中缺失的。

edit > atom properties，打开一个新的窗口，其中有h2o2 分子中的原子列表
按shift 全选原子列表，在下面的的参数中添加Rname(residue name) 为H2O2, segid为1，这两个可以用其它。
逐个选择原子，分配原子名称和类型。原子名称可以任意，但必须各不相同。现在只有h2o的力场文件被载入，故只有OT和HT两种charmm原子类型，除此之外，paratool还提供有若干UFF 类型。电荷也是在这里输入的，因为还没有进行计算，可以暂留，手工在top 文件中改电荷也不麻烦。

计算需要opt 和freq 两步完成，在日后的版本中可能会合并。目前仅可以自动生成gaussian 格式的输入文件。

File > setup QC geometry optimization,打开QMTools 窗口，并对若干参数进行预设。这个例子中内存可以改一下，h2o2 不会用掉1G 内存。电荷和多重度不能自动设定，需要手工修改，但本例中不需要。
write Gaussian input file (明明应该是gif 嘛，不幸被人家做图片的抢注了)，这个文件可以直接用g03 进行计算。计算完成后File > Import Gaussian Optimized Geometry 载入log 文件。
Hessian > setup QM single point calc. 按上述方法得到gjf，完成后Hessian > Import Hessian/charges from single point calc 载入。
Edit > internal coordinates,会发现所有的键/角/二面角都已自动算出来了。
File > write top/par file,就可以得到适用于h2o2的力场了(暂无电荷)P.S. 两步QC计算所用的关键词为
# RHF/6-31G* Opt=(Redundant) SCF=Tight* # RHF/6-31G
Geom=(AllCheck,NewRedundant) Freq NoSymm Pop=(ESP,NPA) IOp(6/33=2,7/33=1) SCF=Tight

bay__gulf618. 构建novel 结构的力场. [EB/OL], 2009-9-20. [2011-11-09]. http://www.mdbbs.org/thread-16875-3-1.html.