Gromacs程序

1 do_dssp

分析蛋白质的二级结构变化

group务必选择protein，否则……

do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpm

2 editconf

将.gro 文件重新转换为.pdb 文件
设置盒子参数：
- 定义盒子类型（即：立方、三斜、八面体）
- 设置盒子与分子相关的边缘的尺寸（-d 0.7 即为设置盒子边缘距分子 0.7nm）
- 将分子置于盒子的中心

3 g_dist和g_bond

g_dist 可以研究两个基团之间的距离波动

提取两个原子间距离随时间变化，用g_dist和g_bond都可以。

g_dist的index写法是，在里面加入两个group，内容分别是这两个原子序号，运行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后会提示选择group，分别选择那两个group就行了，结果输出在dist.xvg，第二列是距离，后面三列是x/y/z的距离。

如果用g_bond，则index里新加入一个group，把两个原子都写进那一个group下。用的时候选这个group就行了，结果和g_dist的第二列的内容一样。

4 g_gyrate

分析蛋白质的回旋半径变化

蛋白质的回旋半径反应了蛋白质分子的体积和形状。同一体系的回旋半径越大，说明体系发生了膨胀。

g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvg

6 g_rms

研究某些基团的位置偏离

分析原子的均方根偏差（RMSD）

g_rms –s md.tpr –f md.trr –o rmsd.xvg

8 g_sas

分析溶剂的可及表面积（SASA）

它是描述蛋白质疏水性的重要手段，氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用。

g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg

9 g_traj

从轨迹中提取坐标、速度、力等随时间变化的数据.

g_traj -f all.trr -s m4.tpr -n assurance/nvt1/N-C-ter.ndx -ox assurance/nvt1/left-N-coord.xvg

10 genbox

根据盒子的尺寸将溶剂加入其中
在指定的溶剂中溶剂化蛋白质（默认为 SPC：即简单点电荷的水）
当有任何溶质原子与溶剂原子间的距离小于他们的范德华半径之和时，去除相关的水分子（范德华半径的数据来源为：vdwradii.dat）

genconf multiplies a given coordinate file by simply stacking them on top of each other, like a small child playing with wooden blocks. The program makes a grid of user defined proportions (-nbox), and interspaces the grid point with an extra space -dist. When option -rot is used the program does not check for overlap between molecules on grid points. It is recommended to make the box in the input file at least as big as the coordinates + Van der Waals radius. If the optional trajectory file is given, conformations are not generated, but read from this file and translated appropriately to build the grid.

12 gmxcheck

读取轨迹文件（*.trr）或者能量文件（*.edr），打印出他们中有用的信息

13 grompp (pre-processor program)

读取分子的拓扑文件（*.top），并检查文件是否正确有效
将拓扑文件由分子描述展开为原子描述（*.tpr）
读取参数文件（*.mdp），坐标文件（*.gro）和拓扑文件（*.top）
当执行 mdrun 程序后，他输出一个*.tpr 文件
因为*.tpr 是二进制文件，他不能用“more”读取，但可以用 gmxdump 读取（他还可以读取*.trr 文件）

14 make_ndx

生成索引，非常强大的分析准备工具

make_ndx -f m5.tpr -o index.ndx

15 mdrun

进行分子动力学模拟
同样可以进行Brownian动力学模拟，Langevin动力学模拟，以及Conjugate Gradient或Steepest Descents能量最小化
读取*.tpr 文件，根据该文件创建一个邻接序列并计算力
全面地求所有力的和，并更新位置和速度
至少输出三中类型的文件：
- 轨迹文件（*.trr）：包含坐标、速度和力
- 结构文件（*.gro）：包含坐标、速度和最后一步
- 能量文件（*.edr）：包含能量、温度和压力

16 ngmx

Gromacs 的轨迹观察器
绘制分子的 3-D 结构
可以实现按比例缩放、平移、原子标记以及轨迹动画演示等等

17 pdb2gmx

读取 pdb 文件，选择力场
读取一些数据库文件来生成特殊的键（即：Cys-Cys）
为蛋白质加氢
生成坐标文件（*.gro）和拓扑文件（*.top）
当有原子没被正确建模时，提示警告信息

18 trjcat

连接多个trr文件。

trjcat -f traj1.trr traj2.trr.... -settime -o traj_all.trr

19 trjconv

可将轨迹文件压缩成一个可用 ngmx 分析的*.xtc 文件