Ante R.E.D & R.E.D. III
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1 源代码修改
1.1 Ante_RED
Ante_RED生成的量化输入文件内存分配太少，需要修改，不然遇大稍微大一点的分子就通不过。修改Ante_Red.x.x.pl源代码：
GAMESS/FireFly设置内存关键字是MWORDS，默认是32，32*8M=256M，此处指每线程256M,因此，根据自己的内存大小修改此值，我用的是六核，8G内存，所以使用128
Gaussian设置内存的关键字是%Mem，默认256M,根据内存修改即可。
1.2 R.E.D.III
RED在执行过程中，如果使用没有提供multiple re-orientations值的话，它会使用量化软件来计算，因此，这里的内存也要修改，关键字同上。
RED有一些用户自定义变量，在源文件的最后，MAIN PROGRAM下面，官方的解释如下：
$XRED = "OFF"; # If XRED="ON", R.E.D. will be executed using the XRED graphical interface. $NP = "2"; # Number of cpu(s)/core(s) used in parallel in QM calculations. $QMSOFT = "Gaussian"; # "GAMESS" (GAMESS-US or WinGAMESS), "Firefly" (PC-GAMESS), or "GAUSSIAN" (g09, g03, g98 or g94) is used in QM calculations. $DIR = "Data-RED"; # Directory name where the final data will be stored. $OPT_Calc = "Off"; # Geometry optimization will be carried out only if $OPT_Calc = "ON". $MEPCHR_Calc = "On"; # MEP computation & charge fitting will be carried out if $MEPCHR_Calc = "ON". $Re_Fit = "Off"; # Charges are re-fitted & force field libraries re-built from a previous R.E.D. job. $CHR_TYP = "RESP-A1"; # Charge derivation models: "RESP-A1, RESP-A2, RESP-C1, RESP-C2, ESP-A1, ESP-A2, ESP-C1, ESP-C2". # -1- RESP-A1: HF/6-31G* Connolly surface algo., 2 stage RESP fit qwt=.0005/.001 # -2- RESP-A2: HF/6-31G* Connolly surface algo., 1 stage RESP fit qwt=.01 # -3- RESP-C1: HF/6-31G* CHELPG algo., 2 stage RESP fit qwt=.0005/.001 # -4- RESP-C2: HF/6-31G* CHELPG algo., 1 stage RESP fit qwt=.01 # -5- ESP-A1: HF/6-31G* Connolly surface algo., 1 stage RESP fit qwt=.0000 # -6- ESP-A2: HF/STO-3G Connolly surface algo., 1 stage RESP fit qwt=.0000 # -7- ESP-C1: HF/6-31G* CHELPG algo., 1 stage RESP fit qwt=.0000 # -8- ESP-C2: HF/STO-3G CHELPG algo., 1 stage RESP fit qwt=.0000 # -9- DEBUG: Do not use the DEBUG mode for generating correct charge values !!!
一般来说，需要修改的是$NP，表示使用的CPU数量，$QMSOFT，表示量化软件，$OPT_Calc，表示是否直接优化结构，使用它可以只提供p2n文件就能计算，不需要提供量化计算结果，但官方不建议使用，因此不建议开启。具体原因如下，具体看官方tutorial。
If $OPT_Calc = "On" is setup in R.E.D. III.x, then simply run R.E.D. III.x using the command as just above ("perl RED-vIII.4.pl > RED-vIII.log"). Althought it seems simpler, such approach is not recommended when deriving RESP or ESP charge values using a multiple-molecule multiple-conformation and/or multiple-orientation RESP fit. This is because it is unlikely that all the geometry optimization jobs for the different molecules and conformations converge. In the latter case, this leads to a "FAILED" R.E.D. III.x execution.
2 执行过程
说明：
- 本文使用GAMESS(US)进行量化计算。
- Ante_RED和RED.III需要修改，修改内容见上文。
- 计算从一个pdb开始，我们假设是main.pdb。
- 首先使用Ante_RED-x.x.pl来生成量化软件的输入文件，此文产生时，最新的版本是Ante_RED-1.4.pl，因此，执行：
perl Ante_RED.pl File.pdb > Ante_RED.log
- 生成一系列文件，以本文为例，分别为:
Ante_RED.log Ante_RED的日志文件 main-gam.inp GAMESS/WinGAMESS输入文件 main-gau.com Gaussian输入文件 main-info.txt 信息 main-out.p2n 下一步所需要的p2n文件 main-out.pdb 重新生成的pdb main-pcg.inp PC-Gamess/firefly的输入文件
- 重命名p2n文件为Mol_red1.p2n,其中的数字1可以更改。
- 请选择自己需要的输入文件进行计算，本人在此选择main-gam.inp使用GAMESS(US)来计算。执行量化计算，这一步是整个计算过程中时间最长的:
rungms 01 6 main-gam >& main-gam.log
- 检查量化计算正确完成后，把输出文件，这里是main-gam.log重命名为Mol_red1.p2n，其中的数字1可以更改，只要与p2n文件的相同就行。
- 执行RED-vIII.x.pl，我使用的版本是RED-vIII.4.pl
perl RED-vIII.4.pl > RED-vIII.log
- 完成，检查生成文件，提取电荷即可。电荷在Data-RED/punch**文件内，优化之后的结构在Data-RED/Mol_m1-o*.mol2内。
