能量最小化

能量最小化就是因为现在的结构模型可能存在键长，键角，二面角等不合理的情况，导致能量较高系统结构不稳定。通过能量最小化把这些不合理的因素消除，使原子残基处于一个更合理的位置。如果不消除的话，做动力学模拟时，原先已经存在的不合理情况会继续扩大，最后会导致结构崩溃，模拟无法进行下去。

判断系统稳定可以用RMSD的值来判断，RMSD波动不是很大时就表明这一段是稳定的，可以拿来做数据分析。