分子动力学模拟问题集锦

Gromacs

为什么要使系统处于电中性？

电中性不是物理的需求,电中性只是为了消除某些计算中的artefacts,如镜像间出现dipole后… 详见 http://www.mdbbs.org/thread-3892-1-1.html

如何判断体系是该加正离子还是加负离子？

用grompp -f em.mdp -c b4ion.gro -p a.top -o ion.tpr，它会告诉你体系的电荷数的。在运行完grompp后，向上查看运行结果，有一部分是*****e+***** 这部分显示的就是电荷，看正负就ok了

就像这样的：

NOTE 1 [file m0.top, line 351]:
System has non-zero total charge: 1.800000e+01

详见 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=17100